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Nach der Verordnung über die Gliederung der Staatlichen Archive Bayerns vom 28. Mai 1990 (GVBl S. 175) obliegt dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv „die Archivierung des Archivguts der staatlichen Stellen, die für das gesamte Staatsgebiet zuständig sind“. Im einzelnen ist es als Zentralarchiv für das Herzogtum, Kurfürstentum, Königreich und den Freistaat Bayern zuständig für die ehemaligen kurbayerischen und pfalz-neuburgischen Zentralarchive und Zentralbehörden, die bei Bayern verbliebene kurpfälzische und pfalz-zweibrückische Überlieferung, die Archive der im Rahmen der Säkularisation und Mediatisierung zu Beginn des 19. Jh. an Bayern gefallenen geistlichen und weltlichen Institutionen des Bayerischen Reichskreises (ohne Oberpfalz) (Abteilung I Ältere Bestände), für die bayerischen Staatsministerien und sonstigen für ganz Bayern zuständigen Landesbehörden seit ca. 1800 (Abteilung II Neuere Bestände), für nach Sachpertinenz gebildete Mischbestände überwiegend kurpfalzbayerischer und königlich-bayerischer zentralbehördlicher Provenienzen zur Geschichte des Hauses Wittelsbach sowie das von Mitgliedern des kgl. Hauses übergebene Schriftgut (Abteilung III Geheimes Hausarchiv), das Archivgut der ehemaligen bayerischen Armee vom 17. Jh. bis 1919 (Abteilung IV Kriegsarchiv) und das Schriftgut der nicht selbst archivierenden, unter Aufsicht des Staates stehenden Körperschaften, Anstalten und Stiftungen des öffentlichen Rechts sowie nichtstaatliches Archivgut zur Ergänzung der Behördenakten, nämlich politische Nachlässe, Verbandsschriftgut und Sammlungsgut wie Plakate, Flugblätter, Druckschriften etc. (Abteilung V Nachlässe und Sammlungen).
Die Bestände des Bayerischen Hauptstaatsarchivs umfassen derzeit (31.12.2018) etwa 3,75 Millionen Archivalieneinheiten im Umfang von 51.700 laufenden Metern.