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Das Sachgebiet 53 der Regierung ist zuständig für das öffentliche Gesundheitswesen. Es übt die Fachaufsicht über die Gesundheitsämter der Landkreise in Niederbayern aus. Infektions-, Krankenhaus- und Umwelthygiene (mit Trink- und Badewasserhygiene), Gutachtenwesen und die Kinder- und Jugendgesundheitspflege sind wichtige Tätigkeitsfelder. Weitere Aufgaben drehen sich um Zulassungen für Gesundheitsfachberufe, Krankenhausplanung und -sanierung sowie um Schwangerenberatung und Sexualaufklärung.