1. Rechtsfragen des Naturschutzes und der Landschaftspflege
- Vollzug des BNatSchG, des BayNatSchG und der auf Grund dieser Gesetze erlassenen Verordnungen, soweit nicht auf andere Behörden übertragen
 - Schutzgebietsverfahren für Naturschutzgebiete und Landkreis übergreifende Landschaftsschutzgebiete und geschützte Landschaftsbestandteile von mehr als 10 ha
 - Förderung auf dem Gebiet des Naturschutzes, der Landschaftspflege und -planung und von Umweltbildung und Umweltstationen, Förderungen von Gartenschauen (Übernahme der Zuständigkeit von SG 34.1 für Projekte, die erst nach Auslaufen des derzeitigen EFRE/IWB- Programms 2014-2020 zur Förderung anstehen), weitere über den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung in Bayern (EFRE) kofinanzierte-Projekte 
 - Vergabe von externen Aufträgen für Maßnahmen des Naturschutzes der Regierung von Oberbayern
 - Werkverträge für Maßnahmen des Naturschutzes der Regierung von Oberbayern
 - Gestattungsverfahren nach Artenschutzrecht, soweit nicht Zuständigkeit der Unteren Naturschutzbehörden
 - Durchführung von Befreiungsverfahren für Naturschutzgebiete und Natura 2000-Gebiete, soweit nicht Zuständigkeit der Unteren Naturschutzbehörden
 - Mitwirkung bei Planfeststellungen, anderen Gestattungsverfahren und bei Rechtsetzungen
 - Rechtsfragen Natura 2000
 - Naturschutzbeirat
 
2. Abfallrecht
- Vollzug des Kreislaufwirtschaftsgesetzes, des Bayer. Abfallwirtschaftsgesetzes und der auf Grund dieser Gesetze erlassenen Verordnungen, soweit nicht auf die Kreisverwaltungsbehörden übertragen
 - Planfeststellungsverfahren und Genehmigungen für Abfallbeseitigungsanlagen
 - Anordnungen Abfallentsorgungsanlagen
 - Aufsicht über die kommunale Abfallentsorgung einschließlich Abfallgebühren
 - Genehmigung kommunaler Abfallgebührensatzungen, soweit Ausschlussregelungen enthalten sind
 - Abfallrechtliche Widerspruchsverfahren
 - Genehmigung der Abfallverbringung
 
3. Immissionsschutzrecht, Anlagensicherheit
- Vollzug des Bundesimmissionsschutzgesetzes und der auf Grund dieses Gesetzes erlassenen Verordnungen (soweit nicht auf die Kreisverwaltungsbehörden übertragen)
 - Genehmigung von Anlagen nach dem BImSchG, sofern die Regierung zuständige Genehmigungsbehörde ist und nach dem BayImSchG keine Zuständigkeit des Bergamtes besteht
 - Genehmigung von Anlagen der öffentlichen Versorgung zur Erzeugung von Strom, Dampf, Warmwasser oder erhitztem Abgas durch den Einsatz von Brennstoffen in einer Verbrennungseinrichtung
 - Genehmigung von Elektroumspannungsanlagen der öffentlichen Versorgung mit einer Oberspannung von 220 oder mehr Kilovolt
 - Anlagen der öffentlichen Entsorgung zur thermischen Behandlung von Abfällen und zur Lagerung oder Behandlung gefährlicher Abfälle zur Beseitigung
 - Rechtsfragen der Sondermüllentsorgung
 - Genehmigung von Tierkörperbeseitigungsanstalten und Sammelstellen
 - Genehmigung gemeindlicher Lärmminderungspläne
 
4. Wasser- und Abwasserabgabenrecht
- Wasserhaushaltsgesetz, Bayer. Wassergesetz, Bundeswasserstraßengesetz, Wasserrecht der EU
 - Abwasserabgabenrecht (AbwAG, BayAbwAG)
 - Verordnung über Anlagen zum Umgang mit wassergefährdenden Stoffen (AwSV)
 - Verordnung über Anlagen zum Lagern, Abfüllen und Umschlagen wassergefährdender Stoffeund die Zulassung von Fachbetrieben (Anlagen- und Fachbetriebsverordnung – VAwS)
 - Verordnung über brennbare Flüssigkeiten (VbF)
 - Schifffahrtsordnung
 - Wassersicherstellungsgesetz
 - Rechtsfragen im Zusammenhang mit Maßnahmen des Wasserbaus, der Wasserwirtschaft und des Grunderwerbs
 - Rechtsfragen der Badegewässer einschl. Vollzug der EG-Richtlinie über die Qualität der Badegewässer vom 08.12.1975
 - Wasserverbandsrecht
 
5. Fördermaßnahmen auf dem Gebiet des technischen Umweltschutzes
6. Bodenschutz
- Aufsicht beim Vollzug aller Rechtsgrundlagen (BBodSchG, BayBodSchG, BBodSchV, BayBodSchVwV) sowie Koordinierung und Unterstützung der Kreisverwaltungsbehörden
 - Zuständigkeit für stillgelegte Deponien nach § 40 Abs. 2 Satz 2 KrWG bis zum Ende der Nachsorgephase, mit Ausnahme von Bauschuttdeponien und Deponien für nicht gefährliche Abfälle unter 5000 m3 Volumen (hier sind die Kreisverwaltungsbehörden zuständig)
 
7. Fachübergreifende Angelegenheiten, insbesondere
- Umweltverträglichkeitsprüfung (UVPG)
 - Umweltinformationsrecht (UIG)
 - Umweltgesetzbuch (UGB)
 - Umweltstrafrecht
 - Umwelt-Audit (UAG)
 - Agenda 21
 
8. Gentechnikrecht (zuständig für die Regierungsbezirke Oberbayern, Niederbayern und Schwaben)
9. Bußgeldverfahren zu Nr. 2, Nr. 7 und Nr. 8
10. Planfeststellungs- und Plangenehmigungsverfahren für landkreisüberschreitende Rohrleitungsanlagen gemäß Nrn. 19.3 – 19.7 der Anlage 1 zum UVPG und § 2 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 der Rohrfernleitungsverordnung (ohne Überwachung)
11. Justiziariat