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An Gewässern, die nicht allgemein zur Schiffahrt zugeglassen sind, darf die Schiffahrt nur mit Genehmigung der Kreisverwaltungsbehörde ausgeübt werden. Kleine Fahrzeuge ohne Maschinenantrieb, die nicht länger als 9,20 Meter sind sowie Ruderboote sind genehmigungsfrei.
Nach dem Bayerischen Wassergesetz (BayWG) darf grundsätzlich jedermann oberirdische Gewässer unter anderem zum Befahren mit kleinen Fahrzeugen ohne eigene Triebkraft ohne behördliche Genehmigung und ohne Zustimmung des Gewässereigentümers oder sonstigen Berechtigten unentgeltlich benutzen. Darunter fallen kleine Boote bis 9,20 Meter Länge ohne Maschinenantrieb wie Ruder-, Paddel-, Schlauch- und Segelboote ohne eingebaute Wohn-, Koch- oder sanitäre Einrichtungen sowie Wind- und Kitesurfer. Dieser so genannte Gemeingebrauch gilt für Betätigungen im Rahmen traditioneller Formen der Freizeitgestaltung und Sportausübung. Diese können - abweichend vom naturschutzrechtlichen Betretungsrecht - sowohl dem Naturgenuss und der Erholung als auch primär wirtschaftlichen oder ausschließlich sportlichen Intereressen wie etwa bei Wettkämpfen dienen.
Das Befahren mit Segelbooten ab 9,20 m Länge oder mit Hilfsmotor über 4 kW (5,5 PS) Maschinenleistung oder mit eingebauten Wohn-, Koch- oder sanitären Einrichtungen fällt in Bayern nicht unter diesen allgemein zulässigen Gemeingebrauch und bedarf daher einer schifffahrtsrechtlichen Genehmigung der Kreisverwaltungsbehörde. Als Wohneinrichtung gilt ein allseitig geschlossener Aufbau mit einer lichten Höhe von mehr als 1,20 cm.
Die Genehmigung kann nur erteilt werden für Boote, die nicht länger als 9,00 m sind und deren gesamtzulässige Motorleistung nicht höher ist als 191 kW (260 PS).
Außerdem muss für den Motor ein Abgaszertifikat der Stufe 1 der Bodenseeschifffahrtsordnung vorgelegt oder die Abgasgrenzwerte der Sportbootrichtlinie eingehalten werden.
Segelboote können nicht als Motorboote zugelassen werden.
Für Oldtimer gibt es besondere Regelungen.
Wird eine Bootsschale (auch Schlauchboot) mit einem Elektromotor ausgerüstet, zählt es nach der BaySchiffV als Elektromotorboot. Dieses ist genehmigungspflichtig.
Urlauber haben die Möglichkeit, eine Urlaubergenehmigung für ein Segelboot oder ein Elektromotorboot, einmal pro Jahr für längstens 4 Wochen, zu beantragen.
Seit dem 16.06.1998 dürfen neue Sportboote in den Ländern der EG nur noch in Verkehr gebracht werden, wenn sie eine CE-Kennzeichnung tragen und eine schriftliche Konformitätserklärung (in deutscher Sprache) vorgelegt wird.
Fahrgast- und Güterschiffe, schwimmendes Gerät, Mietfahrzeuge und Fahrzeuge mit Maschinenantrieb, ausgenommen Elektromotorboote, dürfen nur in Betrieb genommen werden, wenn sie von der Kreisverwaltungsbehörde zugelassen worden sind (vgl. § 19 BaySchiffV).
Segelfahrzeuge mit Hilfsmotor oder Wohn-, Koch- oder sanitären Einrichtungen müssen von der Kreisverwaltungsbehörde zugelassen und mit einem amtlichen Kennzeichen versehen sein.
Mit dem Gewässereigentümer ist ein privatrechtlicher Gestattungsvertrag abzuschließen, wenn für das Befahren ein jährliches Wassernutzungsentgelt zu entrichten ist.
Aus Gründen des Gewässer- und Naturschutzes ist die Anzahl der genehmigungspflichtigen Sportmotorboote mit Verbrennungsmotor begrenzt . Genehmigungen werden nur noch auf dem Starnberger See und Ammersee im Rahmen von Höchstzahlen (280 Starnberger See, 150 Ammersee) erteilt. Um eine Motorbootgenehmigung zu erhalten, können Sie sich ggf. in eine Vormerkliste eintragen lassen.
Motorboote und -schiffe auf dem Bodensee müssen zugelassen werden. Segelboote ohne Motor, Paddel- und Ruderboote, die länger als 2,5 Meter sind, müssen registriert werden.